多囊腎本病發病機制未明
Hilde-brand等認為多囊腎可能是由Bowman囊擴張而來，也可能是由腎曲小管擴張而成，系由后腎胚芽發育而成的腎小球、腎曲小管與Wolffian管發育而成的集合管之間的溝通受到障礙的緣故；Bialestack提出，有些囊腫則是異常增大的腎單位，稱為巨腎單位。亦有認為有些囊腫具有排泄功能；Bricker等對囊腫中的液體進行化學分析，證明其所含成分與尿液相近；Norris等認為是由于很多臨時性的后腎單位不能正常萎縮，一部分腎單位發生局部縮窄及分節，因而形成大小不同的囊腫；Hepler等則認為是腎臟的血液循環分布不正常，造成腎實質退變的結果；Hidd-brant認為分泌部(來源于腎組織的腎曲小管及部分腎小球)與排泄部(來源于輸尿管芽的集合管、腎盂等)在發育時期彼此失去聯系，分泌部成為盲端，其分泌物無從排出，故形成多數囊腫；另有人認為是機械性因素如胎兒時期局部炎癥引起排泄管纖維阻塞，或由于管型及不溶解性鈣鹽阻塞，使尿液不暢引起腎小管擴大的結果。有以下兩種說法能解釋一些臨床現象：
Lambert通過腎臟連續切片
詳細研究了嬰兒及成人有囊腫的腎臟，指出多囊腎的囊腫有3種形態和來源：①腎小球囊腫；②腎小管囊腫；③排泄管囊腫。囊腫壁襯以立方形或扁平細胞，間質中纖維結締組織豐富，髓質與皮質均發育不全，正常腎單位大部分消失；他發現嬰兒的囊腫腎中所有與腎直小管相連接的囊腫與有功能的曲小管均不相通，有囊腫的腎單位都沒有功能；而成人病腎，除上述類型的囊腫外，同時有的囊腫自有功能的腎小管及腎盂上長出，囊腫間正常腎組織極為豐富，并有功能活動，故早期可無臨床癥狀，甚至在其鄰近腎組織被壓萎縮時還可維持功能，直至囊腫繼續增大，出現壓迫性腎萎縮時，方引起腎功能衰退而死亡，惟對病因仍然沒有適當的解釋。
(2)Dammin認為腺系統在正常胚胎發育時都有過多的腺管上皮細胞形成，而在繼續發育期，腺管上皮細胞一般都會退化、消化和消失，而退化的初期是完成上皮管的分節，若分節孤立而不退縮，則囊腫形成，即腎囊腫中腎小管近端形成的分節狀擴張，它仍與腎小球之濾液相通，這與以往認為后腎胚葉與輸尿管胎芽不能連接的學說相反，且能解釋多囊腎可以有肝、脾、胰、甚至卵巢、子宮、膀胱的多發性囊腫病的現象。
2.單純性腎囊腫發病機制可能是后天形成的腎小管憩室。
3.腎髓質囊性病本病發病機制未明。可能是由集合管囊狀擴張而形成海綿狀囊形腔。