四川農大BMC發表lncRNA新成果

　　在過去的幾年里，長非編碼RNAs（lncRNAs）已經得以廣泛研究。有研究已在小鼠、大鼠和人類中鑒定了大量的lncRNAs，其中一些已被證明在肌肉發育和生成過程中起著重要的作用。然而，對于覆蓋家畜骨骼肌所有發育階段的lncRNAs的特性，報道還較少。

　　8月22日，四川農業大學動物科技學院的研究人員在《BMC Genomics》發表題為“Genome-wide identification and characterization of long non-coding RNAs in developmental skeletal muscle of fetal goat”的研究成果。這項研究提供了一份山羊肌肉相關lncRNA的目錄，將有助于我們更全面地了解哺乳動物肌肉發育的根本分子機制。四川農業大學動物科技學院的張紅平教授和李利教授，是本文共同通訊作者。

　　全基因組轉錄研究表明，真核基因組的大型區域被轉錄為一個異質化的非編碼RNAs（ncRNAs）群。一般來說，小于200個核苷酸的ncRNA通 常被描述為小RNA，例如，microRNA（miRNA）、Piwi互動RNAs（piRNAs）、小干擾RNAs（siRNAs），和經典的 ncRNA，如核糖體RNAs（rRNA）、轉移RNAs（tRNA）和小nucleolar RNAs（snoRNAs）；大于200個核苷酸的ncRNA被描述為長非編碼RNA（lncRNA）。在過去的幾年中，越來越多的lncRNAs在哺乳 動物中已被發現，包括智人、小鼠、牛、豬和綿羊。并據此推出，lncRNA在生物過程（如轉錄調控）、表觀遺傳修飾、發育、細胞分化以及一些疾病中，發揮 關鍵的作用。

　　作為全球重要的經濟動物，家養山羊（Capra hircus）主要用于肉食的生產。因此，揭示骨骼肌形成和發育的分子機制，是至關重要的。肌肉的發育是一個復雜的過程，需要多因素的協同表達和相互作 用。最近的一些研究表明，lncRNA在成肌分化和肌肉生成過程中起著至關重要的作用。然而，目前探索哺乳動物骨骼肌生長發育分子機制的大多數策略是，通 過高通量測序技術檢測編碼基因的表達和功能，如MRF（生肌調節因子）、MEF2（肌細胞增強因子-2）家族和配對盒蛋白，這些策略也應用于山羊 miRNA和mRNA表達譜的分析。因此，關于骨骼肌發育相關lncRNAs的信息，仍然是有限的，特別是山羊中。

　　在這項研究中，研究人員使用Illumina HiSeq 2500平臺，系統地鑒定和表征了山羊胚胎和產后山羊骨骼肌中的lncRNAs。總共確定了3981個lncRNA轉錄本，其中577個在不同發育階段的 骨骼肌RNA文庫之間的成對比較中，是顯著差異表達的。據我們所知，目前還沒有對山羊肌肉lncRNA及其生物學功能的相關報道。因此，這些研究結果將為 我們更好的理解山羊lncRNAs的調控功能以及注釋山羊基因組，提供了一種有用的資源，也有助于更好地理解哺乳動物的骨骼肌發育。