機械作用
管腔(如消化道、泌尿道)里流動的體液可以將微生物沖刷到體外。因此，一定程度的腹瀉、尿頻或咳嗽具有自我保護意義。 黏膜分泌粘液，可以粘附各種微生物，阻止它們粘附到上皮細胞。然后借助纖毛擺動、管腔蠕動以及咳嗽等的機械作用，將微生物清除。 黏膜的上皮組織也提供一定的機械屏障作用。但黏膜的上皮組織多為單層結構，缺乏角化，機械屏障作用比皮膚弱。
化學作用
某些管腔含有的體液具有殺菌物質，如胃腔含有的胃酸可以殺死傷寒桿菌等。 粘液含有溶菌酶等多種殺菌物質。
生物拮抗作用
有些黏膜表面寄生著正常菌群，可以拮抗病原體的入侵。其機制有： 產生代謝廢物：如，陰道乳酸桿菌分解陰道上皮細胞里的糖原，產生乳酸抑制白假絲酵母菌的生長。因此清潔陰道方法不當、長期使用抗生素可導致陰道炎；老年女性陰道上皮萎縮，糖原生成不足，可出現老年性陰道炎。 產生細菌素：如，大腸埃希菌產生大腸桿菌素，可在敏感菌的細胞膜上形成孔洞，破壞細菌的能量代謝。