針對填料保留機理的不同（填料保留目標化合物或保留雜質），操作稍有不同。
固相萃取操作一般有四步（見圖1）：
1.填料保留目標化合物
l活化——除去小柱內的雜質并創造一定的溶劑環境。
l上樣——將樣品用一定的溶劑溶解，轉移入柱并使組分保留在柱上。
l淋洗——最大程度除去干擾物。
l洗脫——用小體積的溶劑將被測物質洗脫下來并收集。
2.填料保留雜質
固相萃取操作一般有三步（見圖2）：
l活化——除去柱子內的雜質并創造一定的溶劑環境。
l上樣——將樣品轉移入柱，此時大部分目標化合物會隨樣品基液流出，雜質被保留在柱上，
l故此步驟要開始收集
l洗脫——用小體積的溶劑將組分淋洗下來并收集，合并收集液。
此種情況多用于食品或農殘分析中去除色素。