在固相萃取過程中，應當注意以下影響因素。
①吸附劑的選擇：實驗時盡量選擇與目標化合物極性相似的吸附劑，其用量大小與目標物性質（極性、揮發性）及其在水樣中的濃度直接相關；吸附劑最好是多孔、比表面積大的固體顆粒，表面積越大，吸附能力越強，但是相應孔徑會減小，應根據實際情況綜合考慮；吸附劑必須具有較小的空白值，以減少吸附劑引起的污染和干擾；萃取吸附過程必須可逆并且具有較高的回收率，吸附劑必須能夠快速地吸附分析物，并且能夠在適當的溶劑條件下快速釋放分析物，同時具有恒定的回收率，保證整個分析結果更加可靠、準確；吸附劑必須要具有很好的化學穩定性，具有較強的耐酸堿腐蝕能力，在各種淋洗劑條件下不會發生溶脹作用；吸附劑必須與樣品溶液表面有很好的界面接觸，只有樣品與吸附劑表面充分接觸才能夠保證定量萃取。
②溶劑的選擇：在固相萃取中，萃取固定相的活化、上樣富集、淋洗雜質、分析物洗脫的過程中，都涉及溶劑的選擇問題。溶劑選擇最重要的是溶劑強度，這是保證固相萃取成功的關鍵表2給出了常見正相型和反相型固相萃取中有機溶劑的極性和強度大小關系。