反滲透脫鹽系統的設計是根據原水水質、產水水質及水量要求，排放水量的要求及場地情況等原始資料，選擇合理的水處理工芤藝程，選擇適當的摸元件，確定膜元件數量及組件的排列方式，選擇高壓泵等。設計工作是水處理系統建造的重要環節，往往對工程質量、投資、制水成本控制等起著決定性作用。
目前國內部分廠家的反滲透脫鹽工藝的設計如下：
一、設計依據資料的準備
1、水源水質分析數據（反滲透系統選用灰石芨要求的預處理工藝的依據）；
2、水源水持可能的變化趨勢（設計合理的水處理系統的依據）；
3、產水水質的要求指標（進行反滲透脫鹽系統膜的造型、組件的排列方式以及后處理系統設計的依據）；
二、基本流程的確定
1、預處理方案的確定
2、反滲透裝置的設計，包括：a：根據水源及水質確定使用膜元件的類型；b：根據對產水量和產水水質的要求，確定膜元件的數量、膜組件的排列方式和反滲透裝置的回收率；c：根據計算出的膜組件所需的推動壓力進行高壓泵的選型；d：配置儀表、閥門等配件；
3、后處理工序的設置
三、運行監控系統的設計
四、膜和膜組件的清洗及維護方案的確定
五、運行實驗，修改設計方案