1. 儀器的連接、安裝、開機預熱：
提前埋設土壤環→連接輔助傳感器接口→安裝短期測量室→安裝溫度、濕度傳感器→安裝電池→打開主機電源→主機預熱(約5分鐘)。
2. 掌上電腦(PDA)和軟件的使用，具體操作步驟為：
PDA開機→主界面→開始→Li-8100→Connect by TCP IP→USE→OK(如果看到右上方有E，則點擊E→Clear error)→Set up→Measurement Protocol（measurement preset工程師已經調好）→Area and Volumes→上一級菜單8100→Instruments Settings→Start開始測量(1個循環結束后可以關閉程序，換位另一個測試地點) →測完后退出程序，關閉電源→取出CF讀卡器→放入電腦拷貝數據。
3. 掌上電腦(PDA)中查看前一次測定結果：
Menu→Utlis→File Manager→File Digest Viewing→Compact Flash→選擇或勾選(R)需要查看的文件名→上下翻頁查看(qp)。
4. 掌上電腦(PDA)中查看前一次或幾次(最多32)測定結果的Flux值：
Menu→View→Summary Page→勾選(R)Hold on this page→上下翻頁查看(qp)。(注意：此項查看的前提是，每次測定后必須按上述操作進行查看Flux值，否則PDA不會緩存該次測定的Flux值。)