激光掃描共聚焦顯微鏡應用照明針與檢測孔共軛成像，有效抑制了焦外模糊成像并可對標本各層分別成像，對活細胞行無損傷的“光學切片”這種功能也被形象的稱為“顯微 CT”。
CLSM 還可以對貼壁的單個細胞或細胞群的胞內、胞外熒光作定位、定性、定量及實時分析，并對胞內成分如線粒體、內質網、高爾基體、DNA、RNA、Ca2+、Mg2+、Na+ 等的分布、含量等進行測定及動態觀察，使細胞結構和功能方面的研究達到分子水平。
