進入地下水的污染物有來自人類活動的，有來自自然過程的。
生活污水和生活垃圾會造成地下水的總礦化度、總硬度、硝酸鹽和氯化物含量的升高，有時也會造成病原體污染。
危險廢物填埋場中的滲濾液或其他污染物從填埋場漏出，那樣會對地表水和地下水造成負面影響。 [1]
工業廢水和工業廢物可使地下水中有機和無機化合物的濃度增加。
農業施用的化肥和糞肥，會造成大范圍的地下水硝酸鹽含量增高。農藥對地下水的污染較輕，且僅限于淺層。農業耕作活動可促進土壤有機物的氧化，如有機氮氧化為無機氮（主要是硝態氮），隨滲水進入地下水。天然的咸水會使地下天然淡水受咸水污染等。