①合成探針的長短，一般在20~50個核苷酸之間。合成過長成本高，且易出現聚合酶合成錯誤，雜交時間長，合成太短則特異性下降。
②堿基組成G-C應含40%~60%，一種堿基連續重復不超過4個，以免非特異性雜交產生。
③探針自身序列內應無互補區域，以免產生“發夾”結構，影響雜交。總之，一個好的探針最終要在實踐中才能加以確認。
