基因敲除(geneknockout),是指對一個結構已知但功能未知的基因,從分子水平上設計實驗,將該基因去除,或用其它順序相近基因取代,然后從整體觀察實驗動物,推測相應基因的功能。這與早期生理學研究中常用的切除部分-觀察整體-推測功能的三部曲思想相似。
基因敲除可中止某一基因的表達外,還包括引入新基因及引入定點突變。既可以是用突變基因或其它基因敲除相應的正常基因,也可以用正常基因敲除相應的突變基因。