與此同時，轉基因的生物及生物制品也在悄然走進中國。作為農業大國，中國富有豐富的基因資源，更是水稻，大豆等農作物的故鄉，各種各樣的野生，人工選育的品種，構成了天然的龐大基因庫。這些天然的基因資源一旦受到轉基因的污染其損失將無可限量。
對于突如其來的基因污染問題中國已積極面對，出臺了一系列應對方案。繼中國農業部《農業轉基因生物標識管理辦法》與2001年3月20日開始實施之后，衛生部《轉基因食品衛生管理辦法》也于2001年7月1日生效，消費者的知情權和健康權也漸漸受到重視。
一些專家擔心，類似墨西哥“玉米媽媽”的遭遇，可能正在中國大豆身上發生。中國的大豆與墨西哥的玉米具有很多相似之處：墨西哥是玉米的起源地和品種多樣性集中地，中國則是大豆的起源地和品種多樣性集中地，有6000多份野生大豆品種，占全球的90%以上；墨西哥的玉米約有1/4是從美國進口的，而中國2005年進口大豆近1400萬噸，數量與國產大豆持平，其中大部分是轉基因大豆。
到2006年止，中國還沒有批準轉基因大豆的商業化生產。但是，從運輸到加工的過程中，也可能會有一部分轉基因大豆遺落到野外或者被農民私自種植。比如說，加工廠里面有很多農民工，他們如果喜歡進口大豆，偷偷拿一些回家去種，這樣的情況是非常危險的。
聯合國《生物多樣性公約》中國首席科學家、國家環保總局南京環科所研究員薛達元也指出，如果種植轉基因大豆，野生大豆一旦受到污染，中國大豆的遺傳多樣性可能喪失。