四分體分析法
由于子囊菌減數分裂所形成的四分體包被在一個子囊里，所以判斷兩個基因是否連鎖，只需計算出各種類型的四分體數（即子囊數）。如果其中一個基因所屬的連鎖群已經知道，便很容易測定另一基因是否屬于同一連鎖群。
四分體有三種，即親代二型(PD)、非親代二型(NPD)和四型(T)。如果有關的兩個基因是連鎖的，即PD是不交換或二線雙交換的結果，NPD是四線雙交換的結果，T是單交換或三線雙交換的結果（見連鎖和交換）。如果有關的兩個基因是不連鎖的，那么雙基因雜交子代中所出現的四分體類型要看這兩個基因各自和著絲粒之間是否發生交換而定（表1)。根據這些關系，可以得到這樣的規律：在雙基因雜交子代的四分體類型中如果PD數大大地超出 NPD數而且T多而NPD少，那么這兩個基因是連鎖的，如果PD數和NPD數接近而且T少而NPD多，那么是不連鎖的，一般把NPD/T的比值大于或小于1/4作為判斷的標準。