根據電泳類型分為平板型電泳和毛細管電泳兩類：
1. 平板型電泳：平板型電泳的凝膠灌制在兩塊玻璃板中，聚合后厚度一般小于0.4mm或更薄，因此又稱為超薄片層凝膠電泳。是經典的電泳技術，具有樣品判讀序列長（600-900bp）、一塊凝膠板上可同時進行多個樣品測序的優點。
2. 毛細管電泳：將凝膠高分子聚合物灌制于毛細管中(內徑50~100um)，在高壓及較低濃度膠的條件下實現DNA片段的快速分離。是一種快速、高效、進樣量少、靈敏度高的技術，可測序列達到750bp左右。
