1、兩者性質不同，基因重組是兩種不同的基因組合在一起，形成新的基因片段。基因突變是指基因組DNA分子發生的突然的、可遺傳的變異現象。
2、基因突變是基因的從無到有，突變產生新基因。基因重組是原有基因的重新組合，產生的是新的基因型。
3、發生的時間不同，基因重組發生的時期是減數分裂中四分體時期同源染色體的非姐妹染色單體之間的局部交換和減數第一次分裂后期非同源染色體的而重新組合；基因突變發生的時間是在有絲分裂和減數分裂的間期。
