按照表型效應，突變型可以區分為形態突變型、生化突變型以及致死突變型等。這樣的區分并不涉及突變的本質，而且也不嚴格。因為形態的突變和致死的突變必然有它們的生物化學基礎，所以嚴格地講一切突變型都是生物化學突變型。
形態突變型——微生物中在菌落類型、細胞形態等方面也曾分離到各種形態的突變型。這類突變型無特殊營養要求，在基本培養基上能生長繁殖。據信形態變異的原因是由特定的生化反應遺傳的阻斷的結果。推測基本上是與生物化學的突變具有共同點。
生化突變型——指沒有形態效應，但導致某種特定生化功能改變的突變型。由于基因突變，參與代謝系的酶的活性降低或缺失，這突變型稱生化突變型。其突變性狀可用生化的方法鑒別，與可見的形態突變型迥然有別。代表性的例子如與氨基酸、維生素、核酸堿基等合成代謝有關的酶失活的營養突變型，以及呼吸突變型、抗藥突變型等。它們不僅廣泛用于遺傳學分析，而且還用于活體內代謝途徑的研究和物質的生物測定等。還有許多未知用途。
致死突變型——致死突變型是導致個體死亡的突變型，在高等動植物中常導致個體在性成熟前死亡。致死突變型對于致死的個體來說是不利的，但有利于維持自然群體的雜合狀態。某些致死突變型的生物品系可用于個體發育的研究及育種實踐，所以受到人們的重視。