利用重組DNA技術使DNA分子在指定位置上發生特定的變化,從而收到定向的誘變效果。例如將DNA分子用某一種限制性核酸內切酶處理,再用分解DNA單鏈的核酸酶S1處理,以去除兩個粘性末端的單鏈部分,然后用噬菌體T4連接酶將兩個平頭末端連接起來,這樣就可得到缺失了相應于這一限制性內切酶的識別位點的幾個核苷酸的突變型。相反地,如果在四種脫氧核苷三磷酸(dNTP)存在的情況下加入 DNA多聚酶Ⅰ,那么進行互補合成的結果就得到多了相應幾個核苷酸的兩個平頭末端。在T4接連酶的處理下,便可以在同一位置上得到幾個核苷酸發生重復的突變型。
在指定的位置上也可以定向地誘發置換突變。誘變劑亞硫酸氫鈉能夠使胞嘧啶脫氨基而成為尿嘧啶,但是這種作用只限于 DNA單鏈上的胞嘧啶而對于雙鏈上的胞嘧啶則無效。用識別位點中包含一個胞嘧啶的限制性內切酶處理DNA分子,使粘性末端中的胞嘧啶得以暴露(例如HindⅢ的識別位點是,經限制酶HindⅢ處理后得到粘性末端,中間的這一胞嘧啶便暴露了)。經亞硫酸氫鈉處理后胞嘧啶(c)變為尿嘧啶(U)。通過DNA復制原來的堿基對C∶G便轉變成為 T∶A。這樣一個指定位置的堿基置換突變便被誘發。
還可以把人工合成的低聚核苷酸片段引入基因組中,以一定的方式改變某一基因等。