基因簇少則可以是由重復產生的兩個相鄰相關基因所組成，多則可以是幾百個相同基因串聯排列而成。它們屬于同一個祖先的基因擴增產物，也有一些基因家族的成員在染色體上排列并不緊密，中間還含有一些無關序列，但總體是分布在染色體上相對集中的區域。
基因簇中也常常包括一些沒有生物功能的假基因。
一組緊密連鎖的且功能上密切相關的結構基因，多見于脈孢菌(Neurospora)等真菌中。這些基因各自編碼的酶常能組成多酶復合物，能催化代謝中的特定反應。細菌同一操縱子中的幾個結構基因也可稱基因簇，但這些基因編碼的酶并不組成復合體。