1、掃描分辨率較高，如小于1μm。2、自動掃描獲取數據，自動校正系統，掃描自動化程度高，步驟較簡化。3、掃描速度較快，單位芯片的掃描時間較短。3、掃描效率高，如一次完成多個樣本掃描。4、掃描自動化程度較高,人工操作步驟較少。5、掃描的質控措施更可靠,Call rate 必須達到99%以上。6、掃描的SNP基因分型準確性高，且具有較高的重復性。
