按照基因芯片上的探針的長度可將芯片分為寡核苷酸芯片和 cDNA 芯片,寡核苷酸芯片以寡核苷酸片段作為探針,而 cDNA 芯片以較長的 PCR 產物作為探針。
按照基因芯片的用途可將芯片分為表達譜芯片和檢測芯片表達譜芯片。
應用最廣泛的一種基因芯片,主要用于檢測基因的差異性表達、尋找新基因和研究基因功能;序列檢測芯片廣泛用于各種特定基因序列的檢測、基因突變和單核苷酸多態性檢測,也有人將其用于基因測序。