1995年Velculescu等提出了基因表達系列分析(Serial Analysis of Gene Expression,SAGE)技術，能同時對上千個轉錄本進行研究。
SAGE是一種快速分析基因表達信息的技術,它通過快速和詳細分析成千上萬個表達序列標簽（Expressed Sequenced Tags, EST)來尋找出表達豐度不同的SAGE標簽序列，從而接近完整地獲得基因組表達信息。SAGE技術與基因芯片一起為目前兩種最常見的基因表達譜研究方法。隨著第三代測序技術的發展，通過構建cDNA文庫，然后利用第二代測序技術的高通量優勢對mRNA文庫進行測序，進而進行基因表達譜分析的方法在基因表達譜研究中占有越來越重要的地位。
在此方法中，通過限制性酶切可以產生非常短的cDNA（10-14bp）標簽，并通過PCR擴增和連接，隨后對連接體進行測序。SAGE大大簡化和加快了3’端表達序列標簽的收集和測序。同DD一樣，SAGE是一個“開放”的系統，可以發現新的未知的序列。在進行標本的比較之前，SAGE在cDNA的產生和處理上需要較多個步驟。由于SAGE是一個依賴DNA測序的基因計量方法，它對基因表達的測定比DD更加量化。由于需要進行大量的測序反應，所以費用因素使大多數研究機構對其廣泛應用的主要限制。