目前在實驗室手工測序常用Sanger雙脫氧鏈終止法。Sanger法就是使用DNA聚合酶和雙脫氧鏈終止物測定DNA核苷酸序列的方法。它要求使用一種單鏈的DNA模板或經變性的雙鏈DNA模板和一種恰當的DNA合成引物。其基本原理是DNA聚合酶利用單鏈的DNA模板，合成出準確互補鏈，在合成時，某種dNTP換成了ddNTP（2′，3′-雙脫氧核苷三磷酸），這時，DNA聚合酶使ddNTP滲入到寡核苷酸鏈的3′末端，導致無3′-OH的核苷酸無法繼續與其他核苷酸連接而終止了DNA鏈的生長。雙脫氧核苷酸的種類不同，摻入的位置不同，就造成了在不同的位置終止的長度不等的互補鏈。通過摻入的放射性核苷酸結合聚丙烯酰胺凝膠電泳，即可讀出模板DNA的互補鏈序列。