一個基因內部的各個點突變的基因轉變常呈梯度現象,即在這基因的一端發生基因轉變的頻率最高,在另一端則最低,在兩端之間存在著一個轉變頻率的梯度。對于任何一個未知位置的點突變,可以通過基因轉變頻率的測定進行精細結構定位。這一方法的應用限于一次減數分裂產物包被在一個囊里面的子囊菌,而且限于影響子囊孢子顏色和形狀的基因。