（二）目的克隆的鑒定
經過初步篩選獲得的陽性克隆，下一步必須對帶有目的序列的克隆做進一步篩選和鑒定。鑒定一般有幾種常用方法：（1）分子雜交；（2）免疫學檢測；（3）DNA測序；（4）蛋白質活性篩選；（5）基因互補實驗。
1. 分子雜交
核酸分子雜交有多種方法：原位雜交、點雜交及Southern雜交等。
原理：帶有互補的特定核苷酸序列的單鏈DNA或RNA，當它們混合在一起時，其相應的同源區段將會退火形成雙鏈的結構。如果彼此退火的核酸來自不同的生物有機體，那么如此形成的雙鏈分子就叫做雜種核酸分子。能夠雜交形成雜種分子的不同來源的DNA分子其親緣關系較為密切；反之，其親緣關系則比較疏遠。因此DNA／DNA的雜交作用，可以用來檢測特定生物有機體之間是否存在著親緣關系，而形成DNA／DNA或DNA／RNA雜種分子的這種能力，可以用來揭示核酸片段中某一特定基因的位置。
核酸分子雜交實驗包括如下兩個不同的步驟：
?第一，將核酸樣品轉移到固體支持物濾膜上，這個過程特稱為核酸印跡轉移，主要的有電泳凝膠核酸印跡法、斑點和狹線印跡法、菌落和噬菌班印跡法；
?第二，是將具有核酸印跡的濾膜同帶有放射性標記或其它標記的DNA或RNA探針進行雜交。所以有時也稱這類核酸雜交為印跡雜交。
2. 免疫學檢測
免疫學檢測的前體是需要有目的蛋白質，一般從純化的蛋白質制備抗體。
原理：是細胞因子（或受體）與相應的特異性抗體（單克隆抗體或多克隆抗體）結合，通過同位素、熒光或酶等標記技術加以放大和顯示，從而定性或定量顯示細胞因子（或受體）的水平。這類方法的優點是實驗周期短，少受抑制物或相似生物池功能因子的干擾，如抗體的特異性高可區分不同型或亞型的細胞因子（如ifn），一次能檢測大量標本，易標準化。與生物學活性檢測方法相比，免疫學檢測法在許多情況下敏感性低于前者，所得結果不表示生物學活性，有的mcab只能識別重組的細胞因子，在檢測天然的細胞因
子中受到限制。
如：
ELISA是酶聯接免疫吸附劑測定( Enzyme-Linked Immunosorbnent Assay
)的簡稱。它是繼免疫熒光和放射免疫技術之后發展起來的一種免疫酶技術。此項技術自70年代初問世以來，發展十分迅速，目前已被廣泛用于生物學和醫學科學的許多領域。
原理
ELISA是以免疫學反應為基礎，將抗原、抗體的特異性反應與酶對底物的高效催化作用相結合起來的一種敏感性很高的試驗技術。由于抗原、抗體的反應在一種固相載體──聚苯乙烯微量滴定板的孔中進行，每加入一種試劑孵育后，可通過洗滌除去多余的游離反應物，從而保證試驗結果的特異性與穩定性。
操作步驟：（1）克隆載體表達的蛋白與固相支持物結合；（2）加入目的蛋白特異的第一抗體，洗去未結合的抗體；（3）加入二抗，二抗分子偶連有標記酶；（4）加入無色底物；（5）對酶反應產物進行觀察。
3. 蛋白質活性和功能互補篩選
DNA雜交和免疫檢測對于多數基因和基因產物都是有效的。蛋白質活性作為克隆的指示標記有一定的難度。如果篩選的目的蛋白是一種酶，也可以根據酶對底物的反應來設計克隆的檢測。
功能互補法：該方法要求被轉化的宿主細胞是某一特定基因的缺陷株，攜帶來自野生型基因DNA的質粒，在宿主細胞中能與缺陷基因互補，最終選擇具有正常功能的轉化細胞。