①載體的滴度較低；
②是輔助病毒與載體病毒重組重新獲得包裝信號使病人面臨感染輔助病毒的危險性；
③此載體只能整合至分裂相細胞；
④此載體容納的外源基因量較少，不利于較大的基因的插入。
因此，人們在努力改造包裝細胞系使其日趨完善，并廣泛用于體外及體內的基因治療中。在體外治療中，為了增強腫瘤病人骨髓細胞對化療藥物的敏感性，將骨髓細胞和帶有mdrI基因的逆轉錄病毒在體外共同培養后回輸體內，獲得了很高的療效；在體內治療中，用HSV-tk基因構建的逆轉錄病毒感染成纖維細胞后被直接注入鼠腦神經膠質瘤細胞中，再給予GCV治療，轉染了HSV-TK基因的膠質瘤細胞對GCV的易感性使得腫瘤完全消退了，目前，這項實驗的臨床應用階段尚未報道。