根據重組的機制和對蛋白質因子的要求不同,可以將狹義的基因重組分為三種類型,即同源重組、位點特異性重組和異常重組。同源重組的發生依賴于大范圍的DNA同源序列的聯會,在重組過程中,兩條染色體或DNA分子相互交換對等的部分。真核生物的非姊妹染色單體的交換、細菌以及某些低等真核生物的轉化、細菌的轉導接合、噬菌體的重組等都屬于這種類型。大腸桿菌的同源重組需要RecA蛋白,類似的蛋白質也存在于其他細菌中。位點特異性重組發生在兩個DNA分子的特異位點上。它的發生依賴于小范圍的DNA同源序列的聯會,重組也只限于這個小范圍。兩個DNA分子并不交換對等的部分,有時是一個DNA分子整合到另一個DNA分子中。這種重組不需要RecA蛋白的參與。異常重組發生在順序不相同的DNA分子間,在形成重組分子時往往依賴于DNA的復制而完成重組過程。例如,在轉座過程中,轉座因子從染色體的一個區段轉移到另一個區段,或從一條染色體轉移到另一條染色體。這種類型的重組也不需要RecA蛋白的參與。
現代基因工程技術是在試管內按人為的設計實施基因重組的技術,也稱為重組DNA。
目的是將一個個體細胞內的遺傳基因轉移到另一個不同性狀的個體細胞內DNA分子,使之發生遺傳變異。來自供體的目的基因被轉入受體細菌后,可進行基因產物的表達,從而獲得用一般方法難以獲得的產品,如胰島素、干擾素、乙型肝炎疫苗等是通過以相應基因與大腸桿菌或酵母菌的基因重組而大量生產的。即基因重