順式排列和反式排列的組成都一樣,只是排列方式不同,從而引起表型效應的不同,這種現象稱為順反效應(cis-trans effect)。在20世紀40年代中，為了研究基因的分子結構，人們用曲霉菌（aspergillus nidulans）和果蠅進行了許多雜交實驗。在曲霉中，發現有的需在培養基中添加腺嘌呤才能生長，即腺嘌呤營養缺陷型。當用兩個腺嘌呤缺陷型ad16和ad8雜交時，雜種仍缺陷型，這表明ad16和ad8為等位基因；但在許多雜種中出現了約0.14%的野生型，說明ad16和ad8又不象等位基因，遺傳上把他們稱為擬等位基因（pseudoalleles），即是指表型效應類似，功能密切相關，在染色體上的位置又緊密連鎖的基因。