基質輔助激光解吸電離質譜儀種類有多種。
1、按分析目的可分：基質輔助激光解吸電離化驗室質譜儀和基質輔助激光解吸電離工業質譜儀。
2、按質量分析器的工作原理可分：基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜儀和基質輔助激光解吸電離傅里葉變換質譜儀等。
3、按結構可分：臺式基質輔助激光解吸電離質譜儀和落地式基質輔助激光解吸電離質譜儀。
4、按分析規模可分：小型基質輔助激光解吸電離質譜儀和大型基質輔助激光解吸電離質譜儀。
5、按用途可分：基質輔助激光解吸電離生物質譜儀、基質輔助激光解吸電離制藥質譜儀、基質輔助激光解吸電離化工質譜儀、基質輔助激光解吸電離食品質譜儀、基質輔助激光解吸電離核酸質譜儀、基質輔助激光解吸電離RNA質譜儀和基質輔助激光解吸電離試驗質譜儀等。