根據MALDI -TOF MS的原理，MALDI-TOF MS具有靈敏度高、準確度高、分辨率高、圖譜簡明、質量范圍廣及速度快等特點，在操作上制樣簡便、可微量化、大規模、并行化和高度自動化處理待檢生物樣品，而且在測定生物大分子和合成高聚物應用方面有特殊的優越性。近年來已成為檢測和鑒定多肽、蛋白質、多糖、核苷酸、糖蛋白、高聚物以及多種合成聚合物的強有力工具。如應用MALDI-TOF MS測定蛋白質酶解的肽質量指紋圖譜（PMF）、源后裂解（PSD）碎片離子圖譜、并結合質譜網絡數據庫檢索，可獲得多肽、蛋白質的序列。應用MALDI -TOF MS對基因組單核苷酸多態性（SNPs）進行分析檢測，可區分和鑒別相對分子質量達 7,000 左右（含20多個堿基）、僅存在1個堿基差別的不同 DNA 。特別值得指出的是，MALDI-TOF MS已成為生命科學領域蛋白質組研究中必不可缺的重要關鍵技術之一。