復旦大學趙興明團隊揭示人類四種真菌“腸型”結構

　　復旦大學類腦智能科學與技術研究院趙興明教授在 Microbiome 期刊發表了題為：Enterotypes of the human gut mycobiome 的研究論文。

　　研究團隊收集了來自歐洲、北美洲以及亞洲的16個隊列的3363個腸道真菌樣本，其中包括自測的中國人572個樣本（圖1）。研究團隊對這些隊列的腸道真菌組成進行了系統地探究，并確定了四種在不同隊列及人群中均穩定存在的四類真菌腸型（圖2）。研究人員評估了這四類腸型結構的特性，發現這些真菌腸型在多樣性、物種和功能組成上均存在顯著差異。

　　研究團隊發現宿主的表型，包括年齡和疾病，都與特定的真菌腸型有明顯的聯系。例如，以念珠菌為主的Can_type腸型在老年人中更為常見，并且該腸型也在多種疾病人群中呈現出較高的流行率，此外，該腸型也與腸道屏障受損相關。與此相反的是，酵母菌為主的Sacc_type腸型則在年輕人中更為普遍，且與較低的疾病風險相關。研究還指出，一種在Can_type腸型中富集的真菌相關的有氧呼吸通路介導了衰老與腸道屏障受損之間的關聯。

　　總的來說，該研究揭示了腸道真菌組成高度結構化的性質，并發現其與宿主表型之間的緊密相關性。

　　復旦大學類腦智能科學與技術研究院博士生賴森瑩為論文的第一作者，復旦大學類腦智能科學與技術研究院趙興明教授、人類表型組研究院鄭琰研究員，以及華中科技大學的陳衛華教授為論文通訊作者。

　　復旦大學類腦智能科學與技術研究院趙興明教授團隊近年來在微生物領域圍繞宏基因組組裝、物種識別到下游垂直應用開展了一系列系統性的工作。研究成果包括宏基因組組裝錯誤識別算法metaMIC（Genome Biology，2022）、宏基因組分箱算法SemiBin（Nature Communications，2022）、SemiBin2（Bioinformatics，2023）、揭示了人類四種真菌“腸型”結構（Microbiome，2023）。 此外，團隊還建立了一系列微生物資源數據庫，包括GMrepo（Nucleic Acids Research，2020）、GMrepo v2（Nucleic Acids Research，2022）、GMGC（Nature，2021）、mMGE（Nucleic Acids Research，2021）、mBodyMap（Nucleic Acids Research，2022）等。