剪接方式并不是唯一的(參看替代剪接),所以外顯子只能在成體mRNA中被看出。即使是使用生物信息學方法,要精確預測外顯子的位置也是非常困難的,外顯子的識別及其拼接都是難題。 真核生物的基因,其線性表達被內含子阻斷,這就是所謂的斷裂基因(英語splitgene),該現象的發現者RichardJ.Roberts和PhillipA.Sharp獲得了1993年諾貝爾獎。
