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  • 發布時間:2019-03-25 22:34 原文鏈接: 外顯子捕獲與擴增2

    階段 3:mRNA 的提取

    材料


    緩沖液與溶液
    按合適比例稀釋貯存液。

    DEPC 處理水

    乙醇

    NaCl(5mol/L)

    酚

    酚:氯仿

    無二價陽離子的磷酸緩沖液(PBS)

    SDS(5%m/V)

    TMK 緩沖液
    10 mmol/LTris-HCl(pH7.5)
    10 mmol/LKCl
    1 mmol/LMgCl2
    Triton X-100(10%V/V) 或 Nonidet P-40(4%,V/V)

    離心轉頭

    Sorvall H1000B 轉頭或等同規格轉頭

    專用設備

    細胞刮子或橡膠刮

    聚苯乙烯離心管(15 ml), 冰上預冷至 0°C

    細胞與組織

    分別經重組 pSPL3 和非重組 pSPL3 轉染的 COS-7 細胞

    方法

    1. 用冰預冷的不含鈣、鎂離子的 PBS 洗滌平皿中的轉染 COS-7 細胞三次。洗滌過程中將平皿保持在冰上。

    2. 每個平皿中加入 10 ml 預冷的 PBS。保持平皿在冰上,小心的將細胞刮除下來。

    3. 將細胞懸液轉入預冷的 15 ml 聚苯乙烯離心管中。
    使用透明的聚苯乙烯離心管,有利于步驟 8、9 中不含細胞核的胞漿的回收。

    4.4°C、300 g(Sorvall H1000B 轉頭上相當于 1200r/min) 離心 8 min 回收細胞。

    5. 盡可能傾去上清,并用加樣器除去殘存的上清。

    6. 在 300ulTFK 緩沖液中重懸 1X106 至 2x106 的 COS 細胞,冰上放置 5 min。

    7. 加入 15ul 的 10% 的 Triton X-100 或 4% 的 Nonidet P-40, 冰上放置 5 min。
    加入非離子去污劑可導致質膜的輕微破解而核膜保持完整。

    8.4°C、500 g(Sorvall H1000B 轉頭上相當于 1500r/min) 離心 5 min 沉淀細胞核。

    9. 將上清移入預冷的 1.5 ml 小離心管中。
    重要:移取上淸時應異常小心,切不可觸及細胞核沉淀。如核膜破裂會導致基因組 DNA 污染,樣品將非常黏期而難以吸取。

    10. 加入 20ul 的 5%SDS 和 300ul 的酚,劇烈振蕩后最大速度離心 5 min,樣品將分為有機相和水相。

    11. 將水相移入含 300ul 酚: 氯仿的 1.5 ml 小離心管中,劇烈振蕩后室溫最大速度離心 3 min 進行分相。

    12. 移取上層的水相至預冷的 1.5 ml 小離心管中,加入 120 的 5mol/LNaCl 和 750ul 的乙醇。-20°C 放置 2~3 h 或-80°C 放置 30 min 以沉淀 RNA。
    核酸在乙醇中比在水中更穩定。如長期保存,RNA 應置于乙醇中-80°C 凍存(見第 7 章,方案 1 結尾部分的專欄“RNA 的保存")。

    13.4°C、最大速度離心 10 min 回收 RNA。

    14. 棄上清并用 70% 乙醇洗滌沉淀。空氣干燥后,將沉淀重懸于 20 g 的 DEPC 處理水中。

    階段 4: 反轉錄 PCR

    材料


    緩沖液與溶液
    按合適比例稀釋貯存液

    10x 擴增緩沖液

    氯仿

    DEPC 處理水

    DTT(lmol/L)

    dNTP 溶液,每種核苷酸濃度為 1.25 mmol/L

    酚

    RNase 抑制劑

    酶及緩沖液

    Bst XI

    EcoR V

    Mo-MLV 反轉錄酶

    Taq DNA 聚合酶

    DNA 尿嘧啶糖基酶(1 單位/ul)



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