MEN的發病機理有以下幾種學說。
①MEN病變組織起源于APUD細胞。1964年A。G。E。皮爾斯將廣泛存在于內分泌腺體及其他組織中能產生內分泌性多肽物質的細胞稱為APUD細胞或。這類細胞胞漿內含有胺類物質,能從血液中攝取胺的前體,含有脫羧酶可進行脫羧作用，最后合成生物胺及多肽激素。MEN中多數細胞來源于神經外胚層并屬于APUD細胞,當這些細胞受影響而發育異常時，則出現增生或形成良性或惡性腫瘤。
②基因突變。此學說認為遺傳異常基因存在于體內多種細胞內，可引起多個腺體的同樣病變，當位于常染色體上的某一基因有缺陷或發生了突變時，則影響某些神經外胚層細胞的正常發育，使出現異常的非典型增生而發生 MEN。
③與遺傳有關。本病有明顯的家族發病傾向，為常染色體顯性遺傳疾病。
④某種循環體液因子刺激使受累腺體惡變或某種細胞內酶缺陷而引起病變，使某些原來處于高度抑制狀態的結構基因編碼被病理因素激活或失去抑制,而產生某種不應產生的激素,引起相應的臨床癥狀。
病理改變
甲狀旁腺的病變一般是主細胞增生，偶為腺瘤。胰島病變可為腺瘤或癌，極少數為增生。垂體前葉多為腺瘤，嗜酸、嗜堿、嫌色細胞均可發生。腎上腺皮質多為雙側彌漫性增生，也可有皮質腺瘤。在MEN-型中甲狀腺為髓樣癌，腎上腺可表現為雙側嗜鉻細胞瘤，MEN-b型中的特殊表現為多發性粘膜神經瘤。