根據臨床表現、實驗室檢查、各種功能試驗及定位檢查，結合仔細的查體與詢問陽性家族史，MEN2一般不難診斷。但對那些癥狀不典型或無癥狀的患者，則需要緊密隨診．并做進一步檢查，以便及早確診。如甲狀旁腺髓樣癌診斷可測定血降鈣素水平，能捫及甲狀腺的大多數患者，降鈣素增高，但在早期，基礎降鈣素可以正常，此時可由前列腺素或鈣灌注后測定血漿降鈣素，只有對鈣和前列腺素過度反應，髓樣癌才可診斷。如對嗜鉻細胞瘤的定性診斷可測定24小時尿游離兒茶酚胺，嗜鉻細胞瘤定位診斷可做CT或MRI或有助于診斷的間碘芐胍體外閃爍掃描，以確立是否有雙側病變存在。甲狀旁腺功能亢進可根據高血鈣、低血磷、血甲狀旁腺激素增高而確立診斷。由于RET基因突變的部位有限，有條件的對可疑患者及其家族成員進行基因檢測，遠比其他篩查方法可靠。
本病主要是MEN2型的各腺體病變與相應的散發性病變進行鑒別。MEN2型的各腺體病變往往多發，并有家族史及多種腺體病變史。