腔隙性腦梗塞的病因根據栓子來源可以分為：
1、心源性：占60%~75%, 常見病因為慢性心房顫動，栓子主要來源是風濕性心瓣膜病、心內膜炎贅生物及附壁血栓脫落等，以及心肌梗死、心房粘液瘤、心臟手術、心臟導管、二尖瓣脫垂和鈣化，先天性房室間隔缺損(靜脈反常栓子)等。
2、非心源性：如動脈粥樣硬化斑塊脫落、肺靜脈血栓或凝塊、骨折或手術時脂肪栓和氣栓、血管內治療時血凝塊或血栓脫落等；頸動脈纖維肌肉發育不良(女性多見)；肺感染、敗血癥、腎病綜合征的高凝狀態等可引起腔隙性腦梗塞。
3、來源不明:約30%的腔隙性腦梗塞。