多篇文章介紹掌上測序儀的新興應用

　　Oxford Nanopore的MinION掌上測序儀近來有點火。這邊廂，公司正忙著升級儀器，發布新產品；那邊廂，用戶也在不斷發表研究成果，從全長cDNA測序到快速的病原體測序。

　　上個月，康涅狄格大學健康中心的研究人員在BioRxiv預印本網站上發表了一項成果。他們利用MinION對四個果蠅基因的cDNA進行了測序，并鑒定出那些基因所表達的近8000個全長亞型。

　　在此之前，研究人員已經利用PacBio的技術對全長的cDNA亞型進行測序，但“此平臺的高額費用可能讓一些用戶望而卻步，”作者指出，而MinION“需要很少的資金投入，可以產生非常長的讀取，并有望徹底改變轉錄組鑒定以及基因組學的其他領域”。

　　“我們預計全轉錄組的納米孔測序將成為鑒定轉錄本亞型的一種快速而強大的方法，特別是隨著技術通量和準確性的改進，以及文庫制備的簡化甚至省略，”研究人員總結道。

　　其他研究小組也報告了MinION在病原體分析上的應用。例如，英國伯明翰大學Nick Loman領導的研究小組上個月在《Genome Biology》上發表文章，稱他們利用MinION和Illumina的MiSeq來研究醫院中的沙門氏菌疫情。

　　他們表示，這兩種方法“在不到半天的時間內產生了可靠且可行動的臨床信息，這將有助于更全面的流行病學調查，并影響感染控制措施”。

　　另一項研究由加州大學舊金山分校的Charles Chiu領導，也是利用MinION測序儀來快速鑒定臨床樣本中的病原體。這項成果于本月發表在BioRxiv預印本網站上。研究小組檢測了四個人類血液樣本中的埃博拉病毒、丙型肝炎病毒和基孔肯雅病毒。據介紹，從樣本到答案的周轉時間不超過6個小時。

　　“這種技術能夠在發展中國家實現醫療點（point-of-care）的基因組分析，那里的關鍵資源嚴重缺乏，包括電力、實驗室空間和服務器能力，”作者寫道。“隨著測序產量、質量和周轉時間繼續改善，我們預計第三代測序技術（如納米孔測序）將挑戰主流的臨床診斷技術，如PCR，實現無偏向的傳染病檢測。”

　　此外，澳大利亞昆士蘭大學的研究人員也在BioRxiv預印本網站上發表了他們的成果。他們利用MinION進行實時的菌株分型，并分析抗生素耐藥性。通過不到一小時的測序，他們就能鑒定細菌物種和菌株，而完整的耐藥性圖譜在12小時內就能出爐。“我們預計這些設備和相關的分析方法有可能成為有用的臨床工具，指導菌血癥和敗血癥等疾病的治療，”研究人員寫道。