把用雜交試驗得到的果蠅多線染色體的遺傳圖譜與正常的帶譜比較，可以看出每條帶相當于一個遺傳單位，并且可以鑒定出許多具有特殊遺傳功能的帶的位置。在特殊情況下，一條帶可能同時有幾個結構基因。例如，用原位雜交法曾經證明5SRNA基因的大部分拷貝位于2R的一條帶（56F）上；組蛋白mRNA只能雜交到2L的兩條帶和它們之間的間帶（39D-39E）上。
