多肽類藥物作為大分子藥物和小分子藥物之間的過渡態，也一直是制藥領域關注的熱點。
多肽/蛋白質都是由氨基酸這個基礎單元通過肽鍵（酰胺鍵-CO-NH-）及其他鍵鍵合而成的。目前，對于多肽并沒有一個十分嚴格的劃分規定，通常認為20個以下氨基酸組成的為短肽，也有認為5/10個氨基酸以下組成的為短肽；由20~50/60個氨基酸組成的肽為中等肽。而我們一般認為的肽類藥物為2~60個氨基酸組成，更大的結構或者是更大的分子量（>5000）則會被歸入大分子/蛋白類藥物中。
氨基酸作為組成多肽/蛋白質的初級單元，每個氨基酸均由一個羧基（-COOH），一個氨基（-NH2）和一條側鏈組成。而不同氨基酸之間的差異在于側鏈的不同。
天然氨基酸都是α氨基酸，對于氨基酸特有的結構來說，其包含一個酸性基團-COOH，和一個堿性基團-NH2。其pKa如下圖所示：
除去上述氨基酸特有的基團外，對常見的氨基酸根據側鏈的不同性質進行分類（酸性、堿性、中性；脂肪族、芳香族等），如下圖所示：
1、酸性
對于酸性的氨基酸，上圖中所標pKa為紅圈圈出位置，用紅色圈表示酸。
2、堿性
對于堿性的氨基酸，上圖中所標pKa為藍圈圈出位置，用藍色圈表示堿。
3、芳香族
對于苯丙氨酸和色氨酸來說，除氨基酸本身代入的α氨基酸結構，側鏈可能帶進酸性基團或者堿性基團。如上圖中三個芳香族類的氨基酸中，酪氨酸的側鏈就帶進一個酚羥基的弱酸。
4、脂肪族
