大片段DNA的測序: 通過鳥槍法 (Shot Gun Sequencing) 測序
鳥槍法測序的操作方法
1. 用限制酶切下目的片段的大片段Insert DNA, 并用Agarose凝膠電泳進行回收。
2. 對回收的大片段DNA用物理方法 (如超聲波等) 進行切斷處理，然后用T4 DNA Polymerase對小片段 DNA進行末端平滑化。
3. 進行Agarose電泳，切膠回收1 kbp ~ 2 kbp的小片段DNA。然后用BcaBest DNA Polymerase在DNA的 3'端加上一個A堿基。
4. 把加上A-tail的DNA片段連入T-Vector中，然后轉化，挑選克隆。
5. 對陽性克隆（含1 kbp ~ 2 kbp Insert）進行DNA測序。
6. 對數據進行編輯，最后連成一條大片段的DNA序列。
DNA測序量
應該進行的DNA測序量以DNA片段實際長度的6-8倍量進行計算(針對實際片段大小確定測多少倍的覆蓋率)，對每個反應的有效測序長度定義為600 Bases。
如：對100 kbp的DNA片段進行測序時，可以按以下方法進行計算：
6倍測序量＝100,000 Bases×6/600 Bases＝1000個反應
8倍測序量＝100,000 Bases×8/600 Bases＝1333個反應
結果編輯
按上述所示的DNA測序量要求進行DNA測序，然后對其所有結果進行編輯。此時的測序結果會連接成數個DNA大片段 (Contig)。
補缺工作
結果編輯工作結束后，會發現在數個DNA大片段 (Contig) 間的序列沒有測定，此時應該通過primer walking來測序，進行整體DNA序列的補缺工作。