（一）細菌的分離鑒定
1.標本：腸道外感染取中段尿、血液、膿液、腦脊液等，腹瀉者取糞便。
2.分離培養與鑒定：糞便標本直接接種腸道桿菌選擇性培養基。血液需先經肉湯增菌，再轉種血瓊脂平板。其他標本可同時接種血瓊脂平板和腸道桿菌選擇性培養基。37℃孵育18～24小時后，觀察菌落并涂片染色鏡檢。采用一系列生化反應進行鑒定。腸致病性大腸桿菌須先作血清學定型試驗。必要時檢定腸霉毒素。
泌尿系統除確定大腸桿菌外，還應計數，每毫升尿含菌量≥100，000時，才有診斷價值。
（二）衛生細菌學檢查
大腸桿菌不斷隨糞便排出體外，污染周圍環境和水源、食品等。取樣檢查時，樣品中大腸桿菌越多，表示樣品被糞便污染越嚴重，也表明樣品中存在腸道致病菌的可能性越大。故應對飲水、食品、飲料進行衛生細菌學檢查。醫學教|育網搜集整理
1.細菌總數：檢測每毫升或每克樣品中所含細菌數，采用傾注培養計算。我國規定的衛生標準是每毫升飲水中細菌總數不得超過100個。
2.大腸菌數指數：指每立升中大腸菌群數，采用乳糖發酵法檢測。我國的衛生標準是每1000ml飲水中不得超過3個大腸菌群；瓶裝汽水、果汁等每100ml大腸菌群不得超過5個。