頭孢克肟不良反應大多短暫而輕微。最常見者為胃腸道反應，其中腹瀉16%、大便次數增多6%、腹痛3%、惡心7%、消化不良3%、腹脹4%；發生率低于2%的不良反應有皮疹、蕁麻疹、藥物熱、瘙癢、頭痛、頭昏。實驗室異常表現為一過性ALT、AST、ALP、LDH、膽紅素、BUN、Cr升高，血小板和白細胞計數一過性減少和嗜酸性粒細胞增多，直接Coombs試驗陽性等。
