此菌屬包括腦膜炎奈瑟菌（N. meningitidis）、淋病奈瑟菌（N. gonorrhoeae）、干燥奈瑟菌（N. sicca）、微黃奈瑟菌（N. subflava）、淺黃奈瑟菌（N. flavescens）、粘液奈瑟菌（N. mucosa）等。其中能引起人體發病的只有腦膜炎奈瑟菌和淋病奈瑟菌。典型的標本涂片，鏡下在中性粒細胞內可見到成雙排列的腦膜炎奈瑟菌或淋球菌。其他奈瑟菌多為人體呼吸道中寄生的正常菌群。鏡下觀察時多存在于細胞外。奈瑟菌屬細菌常可發酵多種糖類，產酸不產氣。糖發酵試驗可用于鑒別此屬細菌。
腦膜炎奈瑟菌與淋病奈瑟菌遺傳性上十分接近，DNA序列存在70%的同源性。主要不同點表現為：①腦膜炎球菌有多糖成分的莢膜，淋球菌分離初期有莢膜；②腦膜炎球菌菌體內很少有質粒，淋球菌可攜帶幾種質粒；③腦膜炎球菌存在于呼吸道，引起腦膜炎，淋球菌引起泌尿生殖系統疾病。