原子熒光的主要干擾是猝滅效應。這種干擾可采用減少溶液中其它干擾離子的濃度避免。
其它干擾因素有光譜干擾、化學干擾、物理干擾等。
克服干擾的途徑有加入絡合劑、降低硼氫化鉀濃度、加入氧化還原電位高于干擾離子的元素、分離干擾元素等方法。
定量分析方法
校準曲線法：與原子吸收光譜法相似：配制一系列含有試樣基體的標準溶液，其基體含量與溶液組成和被測盡可能接近；依次噴入火焰；繪制原子熒光強度與濃度關系的曲線；然后在相同條件下測定被測溶液的原子熒光強度，用內插法求出它的濃度。
標準加入法：試樣中基體影響很大，且無法配制與試樣相同的基體組分。