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  • 發布時間:2020-09-05 15:53 原文鏈接: 如何快速查找LncRNA序列

      查找LncRNA序列的網站有很多,包括Genebank,Ensembl,RefSeq,UCSC數據庫等。今天,小編就給大家講講如何通過LncRNA ID號查找LncRNA的序列。

       一.根據LncRNA來源數據庫,進入相應鏈接。

      1. Genebank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

      2. Ensembl:http://asia.ensembl.org/index.html

      3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

      4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/

       二.根據“gene_id”查看LncRNA在所屬數據庫的ID號。

      1. Genbank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

      紅框內輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為AK009210。

      點擊FASTA鍵,復制獲取序列。

       2. Ensmbl:http://asia.ensembl.org/index.html

      選擇物種類別,詳見Report-Sequence_Results-Supplementary(可選項)。紅框內輸入gene_id號,點擊GO。假設gene_id為ENSMUSG00000099021。

       轉到Genbank,復制獲取序列。

       3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

      紅框內輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為C630043F03Rik。

      點擊FASTA,獲取序列信息。

       4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/

      Genomes下拉菜單選擇參考基因組,一般人類選擇hg19,鼠選擇mm10。

       紅框內輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為Ivns1abp,點擊go。

       點擊下圖的紅框。

       點擊下圖的紅框。

       選擇mRNA,復制獲取序列信息。

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