生化球在使用時，最好與機械式過濾系統結合成一體，不宜單獨使用，即可在機械式過濾系統的濾程后面，加設一個「生化培養球箱」，內置生化培養球，僅讓濾水由上自動滴流而下，然后再經由滴流過程中的硝化作用，來達到最完美的生物自凈作用。如果將生化培養球單獨使用，可能無法達到預期的效果，因為若直接把池水引入「生化培養球箱」，水中難免會夾帶不少有機廢物，由于它們不受硝化細菌所歡迎，若讓這些有機廢物附著于生化培養球上，則硝化細菌就很難在其表面著床生長。因此應將池水中的有機雜質先行濾除之后，再將濾水引入箱中，才是正確的使用方法。