正確的微生物學檢驗始自正確的標本采取。微生物學檢驗的標準化首先應從標本采取與處理的規范化開始。正確的采取、處理與運送細菌培養標本是臨床細菌檢驗成功的關鍵。
一、血液細菌培養
臨床上疑為敗血癥、膿毒血癥或其他血流感染的患者，需做血液細菌培養以明確病原。及時、準確地從患者血液中分離出病原菌，才能進行有效的抗菌治療，提高治愈率和降低醫療費用。
1、采血時機：應在用抗菌素治療前，最好在患者發冷發熱前半小時采血為宜。
2、采血次數與間隔
（1）急性感染患者：從兩臂分別采2份血樣。
（2）感染性心內膜炎患者：24h內采血3次，每次間隔不少于30分鐘。
（3）發熱原因不明患者：24~48h后可再采血2次,間隔不少于60分鐘。
3、采血部位：多次采血時，應在不同部位進行。
4、采血量：成年人采血量為10ml，新生兒與嬰幼兒為1~2ml。每增加1ml血量平均提高陽性率3.2%。
5、抗凝劑：0.025~0.05%聚茴香腦磺酸鈉（sodium polyanethol sulfonate，SPS）。SPS具有抗凝抗吞噬抗補體及拮抗某些抗生素的作用。
6、培養條件：視患者的感染、用藥情況選用不同的培養瓶。
二、胸腹水及腦脊液標本
1、采集：以無菌手續穿刺抽取，為防止凝固可直接注入培養瓶內。
2、運送：用帶蓋的無菌容器送檢。
3、培養：接種前應離心或做增菌培養。
三、尿液標本
1、標本采集：應在用藥前或停藥5天后留取標本，并使尿液在膀胱內停留6-8h以上（給細菌足夠的繁殖時間）。
（1）清潔排尿法：沖洗尿道口后用無菌容器留取中段尿送檢。
（2）膀胱穿刺法：此法是收集尿液的最好方法，尤其對厭氧菌檢查。
（3）腎盂尿采集法：應請泌尿科醫生采取，左右側的標本要標記明確。
（4）留置導管取尿法：應穿刺導尿管壁抽取尿液。
結核分枝桿菌的檢查，應留取24小時尿；檢測衣原體時，尿液標本不能代替尿（陰）道分泌物；巨細胞病毒的檢測，需多次檢測標本，因其釋放是周期性的。
2、標本的運送和保存：用無菌帶螺帽的容器盛標本，標本應在1小時內送檢。
四、痰標本：標本留取質量的好壞直接影響到對下呼吸道病原學的診斷，導致抗菌治療失敗,以及造成耐藥菌的出現。
1、標本采集：應在用藥前或停藥1天后留取標本。
（1）自然咳痰：要求患者留痰前用清水漱口3次，用力咳出。首先用滅菌生理鹽水將痰液洗3次，然后將痰塊打碎，制成懸液后再接種。
（2）氣管穿刺法：適用于昏迷患者。
（3）纖維支氣管鏡抽取法：適用于纖維支氣管鏡檢查或治療的患者。
（4）胃液抽取法：適用于嬰幼兒患者。
五、咽拭子
1、拭子的選擇：要求無菌、不含抑制劑；
2、預先沾濕拭子；
3、直取感染部位，減少污染。
六、生殖道標本
1、男性患者：
（1）尿道標本：清洗龜頭,用碘伏等消毒后,擠出分泌物或以專用細拭子插入尿道口旋轉采取分泌物送檢。
（2）前列腺標本：應由醫師按摩前列腺,以無菌手續自尿道口采取前列腺液送檢。
2、女性患者：（1）成年患者：應在擴陰器的支持下，以無菌棉拭子取分泌物送檢。
（2）未成年患者：不應使用擴陰器，應以無菌拭子在陰道口處采取分泌物送檢。
七、厭氧菌檢查
厭氧菌是人體許多部位（如皮膚、口咽部、腸道和泌尿生殖道）正常菌群中的一部分，因此下列材料無需做厭氧菌培養：（1）咽、鼻、尿道或直腸拭子。（2）咳出的痰，通過支氣管鏡取的分泌物，排出或導出的尿、糞及胃內容物。
1、正確地選擇標本：為排除或盡量減少正常菌群中厭氧菌的污染，用注射器抽取標本比用拭子更好，特別適用于下列臨床情況：
（1）從未開放的膿腫抽取膿液。
（2）通過胸腔穿刺抽出的胸腔液。
（3）從恥骨聯合上方做膀胱穿刺吸出或從腎造口管收集的尿。
（4）氣管切開吸取的肺分泌物。
（5）穿刺抽出的腹腔液。