皰疹性咽峽炎傳染性較強，應注意隔離治療，患兒用過的餐具、玩具等進行消毒處理，防止交叉感染。患病期間注意休息，多飲溫開水，多吃新鮮蔬菜及營養豐富易消化的食物，以增強身體抵抗力。忌食刺激性食物，不吃過熱、過冷的食品。
目前對腸道病毒感染尚無特效療法，主要是對癥治療。注意口腔衛生，保持口腔清潔。可用淡鹽水漱口，用10%硝酸銀涂于潰瘍處或用咽喉靈丹，冰硼散等吹播咽部以減輕咽痛癥狀。口服維生素C及B等。
對于輕、中度發熱，以物理降溫為主。體溫超過38.5℃時，可給予布洛芬等退熱藥。有高熱驚厥及嚴重肌痛者，可適當給予鎮靜劑和止痛劑。
抗病毒治療可選用利巴韋林、更昔洛韋、干擾素等。抗生素對病毒性咽峽炎無效，但如考慮合并有細菌感染，可酌情使用抗生素。
中藥治療對此病有一定效果，常用解毒利咽、化濕退熱的治法，分內服及外用兩類，應根據病情選擇用藥。
氦氖激光照射咽喉部雙扁桃體穴及合谷穴各3分鐘，可起到一定的治療效果。