選擇合適的超濾管，主要考慮MWCO和濃縮體積，最常見的是Ultra-15（10kD）。
通常應截留分子量不應大于目的蛋白分子量的1/3，比如目的蛋白分子量為35kDa，就可以選擇10kDa截留分子量的超濾管。若目的蛋白分子量為10kD左右，則可以用截留分子量3kD的超濾管。認真閱讀使用說明書，注意超濾膜對各種化學物質的耐受程度有所不同。
新買來的超濾是干燥的，使用前加入MilliQ水，水量完全過膜，冰浴或冰箱里預冷幾分鐘。然后將水倒出，即可加入蛋白液，加入的多少，以不超過管頂的白線為準。操作要輕，加入蛋白液前，超濾管需要插在冰上預冷。