1.探針分為好多種，你要先決定你用何種，是RNA探針還是DNA探針，雜交時，RNA－RNA結合的穩定性要比DNA－RNA好，所以RNA探針具有結合牢固、背景低等優點；DNA探針背景稍微深一些，不過也可以，標記方法比前者簡單一些，另外還有寡核苷酸探針，此類探針分子量小，通透性好，但就是標記的敏感性不高。
2.原位雜交相比免疫組化，定位相對準確，但如果蛋白在間質中發揮作用，原位雜交就檢測不出來了，結合圖像分析，原位雜交也可以對目的基因的轉錄半定量。
3.首先是標本對照，這個包括陽性對照和陰性對照；第二個是探針對照，主要是明確探針的特異性；第三個是探針正義連陰性對照，第四個未標記探針競爭抑制；第五個不含探針的陰性對照；第六個質粒對照，第七個無關探針對照。
4.若要定量，該試驗不可行，還是作Northern，若要顯示形態、定位，最好結合免疫組化。