早期診斷主要依靠詳細的病史詢問，周密的臨床觀察及對本病高度的警惕性，綜合資料全面分析，最可靠的診斷依據是腦脊液中查見結核桿菌。
1、病史
（1）結核接觸史，大多數結腦患兒有結核接觸史，特別是家庭內開放性肺結核患者接觸史，對小嬰兒的診斷尤有意義；
（2）卡介苗接種史，大多數患兒未接種過卡介苗；
（3）既往結核病史，尤其是1年內發現結核病又未經治療者，對診斷頗有幫助；
（4）近期急性傳染病史，如麻疹、百日咳等常為結核病惡化的誘因。
2、臨床表現
凡有上述病史的患兒出現性格改變、頭痛、不明原因的嘔吐、嗜睡或煩躁不安相交替及頑固性便秘時，即應考慮本病的可能。眼底檢查發現有脈絡膜粟粒結節對診斷有幫助。